رغم ما للهندسة الوراثية من عوامل إيجابية إلا أن تطبيقات الهندسة الوراثية يكتنفها شيء من الغموض فيما يخص الأخطار المستقبلية.
لذلك فإنها ترتبط بالنواحي القانونية والتشريعية أكثر من ارتباطها بالنواحي الأخلاقية وذلك لارتباطها بالفيروسات كنواقل طبيعية أكثر استخداماً في نقل الجينات.
ويمكن إجمالاً حصر بعض نقاط الأخطار في تطبيقات الهندسة الوراثية على النحو التالي:
1- إن العمل اللا أخلاقي الأول هو النقل الجيني في الخلايا الجرثومية germs cells التي ستولد خلايا جنسية لدى البالغين (حيوانات منوية وبويضات) لأن التلاعب الوراثي لهذه الخلايا سيوجد نسلاً جديداً غامض الهوية ضائع النسب وإن كان تطبيق هذه التقنية قد تحقق بنجاح في الحيوانات الثديية وأظهر فعالية كاملة إلا أن تطبيقه على الإنسان يجب أن يحكم بالفتوى الشرعية.
2- إن العمل اللا أخلاقي الثاني هو الدمج الخلوي بين خلايا الأجنة في الأطوار المبكرة وهذا أيضاً بحاجة إلى تصور علمي أدق وبالتالي فتوى شرعية.
3- الدراسة - وبدقة - لنتائج تجارب المعالجة الجينية على الإنسان قبل استخدامها واحتمالية أو توقع الأخطار التالية:
أ- احتمالية الضرر أو الوفاة بسبب الفيروسات التي تستخدم في النقل الجيني.
ب- الفشل في تحديد موقع الجينة على الشريط الصبغي للمريض قد يسبب مرضاً آخر ربما أشد ضرراً.
ج- هناك احتمال أن تسبب الجينة المزروعة نمواً سرطانياً.
د- عند استخدام المنظار الجيني في معالجة الأجنة قبل ولادتها قد يؤدي إلى مضاعفات خطيرة على حياة الأم أو الجنين.
هـ - عدم توفر أخصائيين على درجة عالية من التدريب في مجال الهندسة الوراثية قد يجعل الباب مفتوحاً أمام الأطباء وبالتالي ارتفاع نسبة النتائج السلبية الخطيرة.
و- قد تفتقد الجينة المزروعة شيئاً من وظائفها مما يؤدي إلى أمراض أخرى غير معروفة.
4- ضبط السماح باللعب الوراثي في الحيوانات المحولة وراثياً بما يخدم المصلحة لا ما يؤدي إلى تغيير خلق الله وبالتالي إيجاد سلالات تكون مؤذية لغيرها.
5- إن خطر المحاولات في الكائنات الدقيقة المهندسة وراثياً هو ما تعمل على إيجاده بعض معامل الوراثة من استخدام سلالات تستخدم في الحروب البيولوجية.
الحقيقة أن التوسع في دائرة العمل الهندسي للنواحي الوراثية يحمل جوانب إيجابية كبيرة إلا أننا لا نستطيع أن نغفل الدور الخطير الذي يمكن أن يبتلى به العالم من جراء عدم وضع ضوابط لهندسة الكائنات والخلايا.
