من أشهر كتب ابن البيطار نجد:
1- تفسير كتاب ديسقوريدوس:
وهو عبارة عن قاموس بالأمازيغية والعربية والسريانية واليونانية، وشرح للأدوية النباتية والحيوانية.
وهو عبارة عن قاموس بالأمازيغية والعربية والسريانية واليونانية، وشرح للأدوية النباتية والحيوانية.
2- كتاب الأفعال الغريبة والخواص العجيبة:
وقد ذكره تلميذه ابن أبي أصيبعة، ولا نعرف عنه إلى الآن شيئا.
3- رسالة في تداوي السموم:
نسخة من هذه الرسالة محفوظة بدار الكتب المصرية بالقاهرة.
4- ميزان الطبيب:
وهو كتاب في المداواة والعلاج أساسا، ألفه ابن البيطار بطلب من الأمير شهاب الدين أحمد بن عيسى، وقسمه إلى ثمانين بابا مرتبة بحسب أعضاء الجسد. ومن الكتاب نسخة مخطوطة في جامعة أبسالا Uppsala بالسويد.
5- كتاب الأقرباذين:
ويحتوي على مجموعة من الأدوية، ويشمل على وصف جميع النباتات والأحجار والمعادن والحيوانات التي لها خواص طبية، وقد ثبت أن ابن البيطار ألف هذا الكتاب عندما كان مقيما في مصر.
ويحتوي على مجموعة من الأدوية، ويشمل على وصف جميع النباتات والأحجار والمعادن والحيوانات التي لها خواص طبية، وقد ثبت أن ابن البيطار ألف هذا الكتاب عندما كان مقيما في مصر.
6- مقالة في الليمون:
نسبها إليه أندريا ألباغوس Andrea Alpagus، وهي ليست كتابا مستقلا لابن البيطار، بل هي مستخرجة من كتاب الجامع تتضمن مادة (ليمون).
