عند نقص بعض العناصر مثل ن، بو، مغ يلاحظ قلة معدل عملية البناء الضوئي لكونها عوامل مساعدة لبعض الإنزيمات الخاصة بتفاعلات الظلام أو لضرورة وجودها لإتمام عملية تفاعل الضوء مثل الكلورين والذي يؤدي نقصه إلى عدم إمكانية نقل الالكترونات من الماء إلى كلوروفيل (ب).
وقد يكون نقص العنصر مؤثرا علي بناء الكلوروفيل نفسه كما في حالة نقص الحديد أو النتروجين أو الماغنسيوم وغيرها.
كما أنه يدخل كمادة تفاعل أثناء تفاعلات الظلام.
