يجب أن تحفظ الفطريات حية وبصورة نقية طوال فترة الدراسة.
وأبسط الطرق لحفظ الفطريات هي نقل المستعمرات باستمرار إلى بيئة جديدة ومعقمة في أنبوبة اختبار.
ويمكن حفظ الأنابيب في درجات حرارة منخفضة (في الثلاجة).
حيث أن الفطريات تظل حية إذا ما وفرت لها درجات حرارة مناسبة.
كذلك جفاف المستعمرة لا يحدث إلا بعد فترة طويلة.
ولتجنب جفاف المستعمرة يمكن تطهير فوهة الأنبوبة باللهب ثم نسدها بسدادة قطنية ثم تغطى بعد ذلك بسدادة معدنية أو بلاستيكية محكمة أو تغطى بشمع البارافين.
ومن الجدير بالذكر أن الفطريات تختلف في المدة اللازمة لتجديد المزرعة الفطرية وذلك على حسب نوع الفطر.
فبعض الفطريات تبقى حية لمدة (8-9 أشهر) دون الحاجة إلى نقلها إلى أنبوبة جديدة وبعضها يجب أن ينقل كل ثلاثة أسابيع عل الأكثر.
التسميات
فطريات